1. 電場強度：電場強度（V/cm）是每厘米的電位降,，也稱電位梯度。電場強度越大,，電泳速度越快,。但增大電場強度會引起通過介質(zhì)的電流強度增大，而造成電泳過程產(chǎn)生的熱量增大,。電流在介質(zhì)中所做的功（W）為：W=I2.R.t式中：I為電流強度,，R為電阻，t為電泳時間,?！ ‰娏魉鞯墓^大部分都轉(zhuǎn)換為熱，因而引起介質(zhì)溫度升高,，這會造成很多影響：1,、樣品和緩沖離子擴散速度增加，引起樣品分離帶的加寬,；2,、產(chǎn)生對流，引起待分離物的混合,；3,、如果樣品對熱敏感，會引起蛋白變性,；4,、引起介質(zhì)粘度降低、電阻下降等等,。電泳中產(chǎn)生的熱通常是由中心向外周散發(fā)的,，所以介質(zhì)中心溫度一般要高于外周，尤其是管狀電泳,，由此引起中央部分介質(zhì)相對于外周部分粘度下降,，摩擦系數(shù)減小,，電泳遷移速度增大，由于中央部分的電泳速度比邊緣快,，所以電泳分離帶通常呈弓型,。降低電流強度，可以減小生熱,，但會延長電泳時間,，引起待分離生物大分子擴散的增加而影響分離效果。所以電泳實驗中要選擇適當(dāng)?shù)碾妶鰪姸?，同時可以適當(dāng)冷卻降低溫度以獲得較好的分離效果,。
2. 待分離生物大分子的性質(zhì)：待分離生物大分子所帶的電荷、分子大小和性質(zhì)都會對電泳有明顯影響,。一般來說,，子帶的電荷量越大、直徑越小,、形狀越接近球形,，則其電泳遷移速度越快。
3. 緩沖液的性質(zhì)：緩沖液的pH值會影響待分離生物大分子的解離程度,，從而對其帶電性質(zhì)產(chǎn)生影響,，溶液pH值距離其等電點愈遠(yuǎn)，其所帶凈電荷量就越大,，電泳的速度也就越大，尤其對于蛋白質(zhì)等兩性分子,，緩沖液pH還會影響到其電泳方向,，當(dāng)緩沖液pH大于蛋白質(zhì)分子的等電點，蛋白質(zhì)分子帶負(fù)電荷,，其電泳的方向是指向正極,。為了保持電泳過程中待分離生物大分子的電荷以及緩沖液pH值的穩(wěn)定性，緩沖液通常要保持一定的離子強度,，一般在0.02－0.2,，離子強度過低，則緩沖能力差,，但如果離子強度過高,，會在待分離分子周圍形成較強的帶相反電荷的離子擴散層（即離子氛），由于離子氛與待分離分子的移動方向相反,，它們之間產(chǎn)生了靜電引力,，因而引起電泳速度降低。另外緩沖液的粘度也會對電泳速度產(chǎn)生影響,。
4. 電滲：液體在電場中,，對于固體支持介質(zhì)的相對移動,，稱為電滲現(xiàn)象。由于支持介質(zhì)表面可能會存在一些帶電基團,，如濾紙表面通常有一些羧基,，瓊脂可能會含有一些硫酸基，而玻璃表面通常有Si-OH基團等等,。這些基團電離后會使支持介質(zhì)表面帶電,，吸附一些帶相反電荷的離子，在電場的作用下向電極方向移動,，形成介質(zhì)表面溶液的流動,，這種現(xiàn)象就是電滲。在pH值高于3時,，玻璃表面帶負(fù)電,，吸附溶液中的正電離子，引起玻璃表面附近溶液層帶正電,，在電場的作用下,，向負(fù)極遷移，帶動電極液產(chǎn)生向負(fù)極的電滲流,。如果電滲方向與待分離分子電泳方向相同,，則加快電泳速度；如果相反,，則降低電泳速度,。
5. 支持介質(zhì)的篩孔：支持介質(zhì)的篩孔大小對待分離生物大分子的電泳遷移速度有明顯的影響。在篩孔大的介質(zhì)中泳動速度快,，反之,，則泳動速度慢。
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