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實驗原理
    瓊脂糖凝膠電泳常用于分離、鑒定 DNA,、RNA 分子混合物,，以瓊脂凝膠作為支持物，利用 DNA 分子在電場中時的電荷效應和分子篩效應,，達到分離混合物的目的,。DNA 分子在高于其等電點的溶液中帶負電，在電場中由陰極向陽極運動,。在一定的電場強度下,，忽略DNA分子攜帶的電荷，DNA 分子的遷移速度取決于分子篩效應,，即分子本身的大小和構(gòu)型是主要的影響因素,。DNA 分子的遷移速度與相對分子量成反比。
    不同構(gòu)型的 DNA 分子的遷移速度不同,。如環(huán)形 DNA 分子樣品,，其中有三種構(gòu)型的分子：超螺旋分子（cccDNA）、開環(huán)分子(ocDNA),、和線形 DNA 分子(IDNA),。這三種不同構(gòu)型分子進行電泳時的遷移速度大小順序為:cccDNA＞IDNA＞ocDNA。
    核酸電泳通常使用瓊脂糖凝膠和聚丙烯酰胺凝膠兩種介質(zhì),。瓊脂糖是一種聚合鏈線性分子,；聚丙烯酰胺凝膠由丙烯酰胺（Acr）在 N,N,N′-四甲基乙二胺（TEMED）和過硫酸銨（AP）的催化下聚合形成長鏈，并通過交聯(lián)劑 N,N′-亞甲雙丙烯酰胺（Bis）交叉連接而成,。瓊脂糖凝膠適合分離200bp至近50kb的DNA片段,，而聚丙烯酰胺凝膠對于小片段（5bp-500bp）的分離效果很好，且分辯力*,。選擇不同濃度的凝膠,，可以分離丌同大小范圍的 DNA 分子。電場強度愈大,，帶電顆粒的運動赹快,。但凝膠的有效分離范圍隨著電壓增大而減小，所以電泳時一般采用低電壓，不超過 6V/cm,。而對于大片段電泳,，可以選擇 0.5-1.0V/cm 電泳過夜。如果選擇高電壓電泳,，可使用聚丙烯酰胺凝膠,。
    核酸電泳常采用 TAE、TBE,、TPE 三種緩沖系統(tǒng),。TAE 價格低廉，但緩沖能力低,。TPE 在進行 DNA 回收時,，會使 DNA 污染磷酸鹽，影響后續(xù)反應,。所以綜合考慮,，多采用 TBE 緩沖液。
    核酸電泳中常用的染色劑是溴化乙錠（EB）,。溴化乙錠是一種扁平分子,，可以嵌入核酸雙鏈的配對堿基之間。在紫外線照射 BE-DNA 復合物時,，通過發(fā)光指示核酸的位置,。由于EB有較強的揮發(fā)性和毒性，現(xiàn)在大多選擇EB替代品進行試驗,，比較常用的有g(shù)elred,，goldview，ybr-green等,，但是整體效果都若于傳統(tǒng)的EB,。
材料、試劑及器具
1,、材料
合適的Marker（分子量標準）；DNA 樣品
2,、試劑
加樣緩沖液（6x或10x）,；瓊脂糖；溴化乙錠（EB）,。
3,、器具
（1）電泳系統(tǒng)：電泳儀、水平電泳槽,、制膠板等,。
（2）凝膠成像系統(tǒng)或紫外透射儀。
實驗過程
1,、按所分離的 DNA 分子的大小范圍,，選擇合適的比例的凝膠,，稱取適量的瓊脂粉，放到一錐形瓶中,，加入適量的 TBE電泳緩沖液,。然后置微波爐加熱至瓊脂粉*溶化，溶液透明,。稍搖勻,，得膠液。待膠液卻至 60℃左右,，在膠液內(nèi)加入適量的比例的溴化乙錠液,。
2、水平放置膠槽,，在一端插好梳子,，在槽內(nèi)緩慢倒入已況至 60℃左右的膠液，使之形成均勻水平的膠面,。
3,、待膠凝固后，小心拔起梳子,，使加樣孔端置陰極段放進電泳槽內(nèi),。
4、在槽內(nèi)加入TBE電泳緩沖液,，至液面覆蓋過膠面,。
5、把待檢樣品,，按合適比例與加樣緩沖液混勻,，用移液槍加至凝膠的加樣孔中。
6,、接通電泳儀和電泳槽,，并接通電源，調(diào)節(jié)合適電壓,，穩(wěn)壓輸出,，開始電泳。
7,、觀察溴酚蘭的帶（藍色）的位置,。當其移動至約凝膠長2/3處時，可停止電泳,。
8,、在紫外透視儀的樣品臺上重新鋪上一張保鮮膜，趕去氣泡平鋪，然后把凝膠放在上面,。關(guān)上樣品室外門,，打開紫外燈（360nm 或 254nm），通過觀察孔進行觀察,。
注意事項
1,、電泳中使用的溴化乙錠（EB）為中度毒性、強致癌性物質(zhì),，務必小心,，勿沾染于衣物、
皮膚,、眼睛,、口鼻等。所有操作均只能在專門電泳區(qū)域操作,，戴一次性手套,，并及時更換。
2,、預先加入EB 時可能使 DNA 的運動速度下降15%左右,，且不同構(gòu)型的 DNA 的影響程度不同。所以為取得較真實的電泳結(jié)果可以在電泳結(jié)束后再用 0.5μg/ml 的 EB 溶液浸泡染色,。EB在光照下易降解,，若凝膠放置一段時間后才觀察，即使原來膠內(nèi)或樣品已加 EB,，建議選擇EB溶液浸泡染色,。
3、加樣進膠時不要形成氣泡,，需在凝膠液未凝固之前及時**,，否則，需重新制膠,。
4,、電泳時溴酚蘭在瓊脂糖凝膠中的運動速度可以用于參考電泳速度，已實際電泳條帶運動速度為準,。
常見問題分析