PCR產(chǎn)物的電泳檢測時(shí)間
一般為48h以內(nèi),，有些應(yīng)該于當(dāng)日電泳檢測，大于48h后帶型不規(guī)則甚致消失,。
假陰性,，不出現(xiàn)擴(kuò)增條帶
PCR反應(yīng)的關(guān)鍵環(huán)節(jié)有①模板核酸的制備，②引物的質(zhì)量與特異性,，③酶的質(zhì)量及,， ④PCR循環(huán)條件。尋找原因亦應(yīng)針對上述環(huán)節(jié)進(jìn)行分析研究,。
模板：①模板中含有雜蛋白質(zhì),，②模板中含有Taq酶抑制劑，③模板中蛋白質(zhì)沒有消 化除凈,，特別是染色體中的組蛋白,，④在提取制備模板時(shí)丟失過多，或吸入酚,。⑤模 板核酸變性不*,。在酶和引物質(zhì)量好時(shí)，不出現(xiàn)擴(kuò)增帶,，極有可能是標(biāo)本的消化處 理,，模板核酸提取過程出了毛病，因而要配制有效而穩(wěn)定的消化處理液，其程序亦應(yīng) 固定不宜隨意更改,。
酶失活：需更換新酶,，或新舊兩種酶同時(shí)使用，以分析是否因酶的活性喪失或不夠而 導(dǎo)致假陰性,。需注意的是有時(shí)忘加Taq酶或溴乙錠,。
引物：引物質(zhì)量、引物的濃度,、兩條引物的濃度是否對稱，是PCR失敗或擴(kuò)增條帶不 理想,、容易彌散的常見原因,。有些批號的引物合成質(zhì)量有問題，兩條引物一條濃度 高,，一條濃度低,，造成低效率的不對稱擴(kuò)增，對策為：①選定一個好的引物合成單 位,。②引物的濃度不僅要看OD值,，更要注重引物原液做瓊脂糖凝膠電泳，一定要有引物條帶出現(xiàn),，而且兩引物帶的亮度應(yīng)大體一致,，如一條引物有條帶，一條引物無條帶,，此時(shí)做PCR有可能失敗,，應(yīng)和引物合成單位協(xié)商解決。如一條引物亮度高,，一條亮度低,，在稀釋引物時(shí)要平衡其濃度。③引物應(yīng)高濃度小量分裝保存,，防止多次凍融或長期放冰箱冷藏部分,，導(dǎo)致引物變質(zhì)降解失效。④引物設(shè)計(jì)不合理,，如引物長度不夠,，引物之間形成二聚體等。
Mg2+濃度：Mg2+離子濃度對PCR擴(kuò)增效率影響很大,，濃度過高可降低PCR擴(kuò)增的特 異性,，濃度過低則影響PCR擴(kuò)增產(chǎn)量甚至使PCR擴(kuò)增失敗而不出擴(kuò)增條帶。
反應(yīng)體積的改變：通常進(jìn)行PCR擴(kuò)增采用的體積為20ul,、30ul,、50ul。或100ul,，應(yīng)用多 大體積進(jìn)行PCR擴(kuò)增,，是根據(jù)科研和臨床檢測不同目的而設(shè)定，在做小體積如20ul 后,，再做大體積時(shí),，一定要模索條件，否則容易失敗,。
物理原因：變性對PCR擴(kuò)增來說相當(dāng)重要,，如變性溫度低，變性時(shí)間短,，極有可能出現(xiàn)假陰性;退火溫度過低,，可致非特異性擴(kuò)增而降低特異性擴(kuò)增效率退火溫度過高影響引物與模板的結(jié)合而降低PCR擴(kuò)增效率。有時(shí)還有必要用標(biāo)準(zhǔn)的溫度計(jì),，檢測一下擴(kuò)增儀或水溶鍋內(nèi)的變性,、退火和延伸溫度，這也是PCR失敗的原因之一,。
靶序列變異：如靶序列發(fā)生突變或缺失,，影響引物與模板特異性結(jié)合，或因靶序列某 段缺失使引物與模板失去互補(bǔ)序列,，其PCR擴(kuò)增是不會成功的,。
假陽性
出現(xiàn)的PCR擴(kuò)增條帶與目的靶序列條帶一致，有時(shí)其條帶更整齊,，亮度更高,。
引物設(shè)計(jì)不合適：選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性，因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),，擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列,。靶序列太短或引物太短，容易出現(xiàn)假陽性,。需重新設(shè)計(jì)引物,。
靶序列或擴(kuò)增產(chǎn)物的交叉污染：這種污染有兩種原因：一是整個基因組或大片段的交叉污染，導(dǎo)致假陽性,。這種假陽性可用以下方法解決：操作時(shí)應(yīng)小心輕柔,，防止將靶序列吸入加樣槍內(nèi)或?yàn)R出離心管外。除酶及不能耐高溫的物質(zhì)外,，所有試劑或器材均應(yīng)高壓處理,。所用離心管及樣進(jìn)槍頭等均應(yīng)一次性使用。必要時(shí),，在加標(biāo)本前,，反應(yīng)管和試劑用紫外線照射,，以破壞存在的核酸。二是空氣中的小片段核酸污染,，這些小片段比靶序列短,，但有一定的同源性?？苫ハ嗥?br />
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