1.探針的標記:
(1) 如下設(shè)置探針標記的反應(yīng)體系:
待標記探針 (1.75pmol/微升) 2微升
T4 Polynucleotide Kinase Buffer (10X) 1微升
Nuclease-Free Water 5微升
[γ-32P]ATP(3,000Ci/mmol at 10mCi/ml) 1微升
T4 Polynucleotide Kinase (5-10U/微升) 1微升
總體積 10微升
按照上述反應(yīng)體系依次加入各種試劑,,加入同位素后,Vortex混勻,,再加入T4 Polynucleotide Kinase,,混勻。
(2) 使用水浴或PCR儀,,37℃反應(yīng)10分鐘,。
(3) 加入1微升探針標記終止液,混勻,,終止探針標記反應(yīng),。
(4) 再加入89微升TE,混勻。此時可以取少量探針用于檢測標記的效率,。通常標記的效率在30%以上,,即總放射性的30%以上標 記到了探針上,。為實驗簡便起見,,通常不必測定探針的標記效率。
(5) 標記好的探針立即使用,,zui長使用時間一般不宜超過3天,。標記好的探針可以保存在-20℃。
2.探針的純化:
通常為實驗簡便起見,,可以不必純化標記好的探針,。在有些時候,純化后的探針會改善EMSA的電泳結(jié)果。如需純化,,可以按照如 下步驟操作:
(1) 對于100微升標記好的探針,,加入1/4體積即25微升的5M醋酸銨,再加入2體積即200微升的無水乙醇,,混勻,。
(2) 在-70℃至-80℃沉淀1小時,或在-20℃沉淀過一夜,。
(3) 在4℃,,12000g-16000g離心30分鐘。小心去除上清,,切不可觸及沉,。
(4) 在4℃,12000g-16000g離心1分鐘,。小心吸去殘余液體,。微晾干沉淀,但不宜過分干燥,。
(5) 加入100微升TE,,*溶解沉淀。標記好的探針立即使用,,zui長使用時間一般不宜超過3天,。標記好的探針可以保存于-20℃。
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