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色譜柱的正確使用和維護(hù)十分重要，稍有不慎就會降低柱效,、縮短使用壽命甚至損壞,。在色譜操作過程中，需要注意下列問題,，以維護(hù)色譜柱,。
①　避免壓力和溫度的急劇變化及任何機(jī)械震動。溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內(nèi)的填充狀況,；柱壓的突然升高或降低也會沖動柱內(nèi)填料,，因此在調(diào)節(jié)流速時應(yīng)該緩慢進(jìn)行，在閥進(jìn)樣時閥的轉(zhuǎn)動不能過緩（如前所述）,。
②　應(yīng)逐漸改變?nèi)軇┑慕M成,，特別是反相色譜中，不應(yīng)直接從有機(jī)溶劑改變?yōu)槿渴撬?，反之亦然?br />③　一般說來色譜柱不能反沖,，只有生產(chǎn)者指明該柱可以反沖時，才可以反沖除去留在柱頭的雜質(zhì),。否則反沖會迅速降低柱效,。
④　選擇使用適宜的流動相（尤其是pH）,，以避免固定相被破壞。有時可以在進(jìn)樣器前面連接一預(yù)柱,，分析柱是鍵合硅膠時,，預(yù)柱為硅膠，可使流動相在進(jìn)入分析柱之前預(yù)先被硅膠“飽和”,，避免分析柱中的硅膠基質(zhì)被溶解,。
⑤　避免將基質(zhì)復(fù)雜的樣品尤其是生物樣品直接注入柱內(nèi)，需要對樣品進(jìn)行預(yù)處理或者在進(jìn)樣器和色譜柱之間連接一保護(hù)柱,。保護(hù)柱一般是填有相似固定相的短柱,。保護(hù)柱可以而且應(yīng)該經(jīng)常更換。
⑥　經(jīng)常用強(qiáng)溶劑沖洗色譜柱,，清除保留在柱內(nèi)的雜質(zhì),。在進(jìn)行清洗時，對流路系統(tǒng)中流動相的置換應(yīng)以相混溶的溶劑逐漸過渡,，每種流動相的體積應(yīng)是柱體積的20倍左右,，即常規(guī)分析需要50~75ml。
下面列舉一些色譜柱的清洗溶劑及順序,，作為參考：硅膠柱以正已烷（或庚烷）,、二氯甲烷和甲醇依次沖洗，然后再以相反順序依次沖洗,，所有溶劑都必須嚴(yán)格脫水,。甲醇能洗去殘留的強(qiáng)極性雜質(zhì)，已烷使硅膠表面重新活化,。反相柱以水,、甲醇、乙腈,、一氯甲烷（或氯仿）依次沖洗,，再以相反順序依次沖洗。如果下一步分析用的流動相不含緩沖液,，那么可以省略后用水沖洗這一步,。一氯甲烷能洗去殘留的非極性雜質(zhì)，在甲醇（乙腈）沖洗時重復(fù)注射100~200μl四氫呋喃數(shù)次有助于除去強(qiáng)疏水性雜質(zhì),。四氫呋喃與乙腈或甲醇的混合溶液能除去類脂,。有時也注射二甲亞砜數(shù)次。此外,，用乙腈,、丙酮和三氟醋酸（0.1%）梯度洗脫能除去蛋白質(zhì)污染。
陽離子交換柱可用稀酸緩沖液沖洗，陰離子交換柱可用稀堿緩沖液沖洗,，除去交換性能強(qiáng)的鹽,，然后用水、甲醇,、二氯甲烷（除去吸附在固定相表面的有機(jī)物）,、甲醇、水依次沖洗,。
⑦　保存色譜柱時應(yīng)將柱內(nèi)充滿乙腈或甲醇,，柱接頭要擰緊，防止溶劑揮發(fā)干燥,。禁止將緩沖溶液留在柱內(nèi)靜置過夜或更長時間,。
⑧　色譜柱使用過程中，如果壓力升高,，一種可能是燒結(jié)濾片被堵塞,，這時應(yīng)更換濾片或?qū)⑵淙〕鲞M(jìn)行清洗,；另一種可能是大分子進(jìn)入柱內(nèi),，使柱頭被污染；如果柱效降低或色譜峰變形,，則可能柱頭出現(xiàn)塌陷,，死體積增大。
在后兩種情況發(fā)生時,，小心擰開柱接頭,，用潔凈小鋼將柱頭填料取出1~2mm高度（注意把被污染填料取凈）再把柱內(nèi)填料整平。然后用適當(dāng)溶劑濕潤的固定相（與柱內(nèi)相同）填滿色譜柱,，壓平,，再擰緊柱接頭。這樣處理后柱效能得到改善,，但是很難恢復(fù)到新柱的水平,。
柱子失效通常是柱端部分，在分析柱前裝一根與分析柱相同固定相的短柱（5~30mm）,，可以起到保護(hù),、延長柱壽命的作用。采用保護(hù)柱會損失一定的柱效,，這是值得的,。
通常色譜柱壽命在正確使用時可達(dá)2年以上。以硅膠為基質(zhì)的填料,，只能在pH2~9范圍內(nèi)使用,。柱子使用一段時間后，可能有一些吸附作用強(qiáng)的物質(zhì)保留于柱頂,，特別是一些有色物質(zhì)更易看清被吸著在柱頂?shù)奶盍仙?。新的色譜柱在使用一段時間后柱頂填料可能塌陷,，使柱效下降，這時也可補加填料使柱效恢復(fù),。
每次工作完后,，好用洗脫能力強(qiáng)的洗脫液沖洗，例如ODS柱宜用甲醇沖洗至基線平衡,。當(dāng)采用鹽緩沖溶液作流動相時,，使用完后應(yīng)用無鹽流動相沖洗。含鹵族元素（氟,、氯,、溴）的化合物可能會腐蝕不銹鋼管道，不宜長期與之接觸,。裝在HPLC儀上柱子如不經(jīng)常使用,，應(yīng)每隔4~5天開機(jī)沖洗15分鐘。