1．RNA的提取

　　RNA的提取其實(shí)原理很簡單：通過變性劑破碎細(xì)胞或者組織,，然后經(jīng)過氯仿等有機(jī)溶劑抽提RNA，再經(jīng)過沉淀,，洗滌，晾干,，zui后溶解,。但是由于RNA酶無處不在，隨時(shí)可能將RNA降解,，所以實(shí)驗(yàn)中有很多地方需要注意,，稍有疏忽就會(huì)前功盡棄。

　　1．1分離高質(zhì)量RNA

　　成功的cDNA合成來自高質(zhì)量的RNA,。高質(zhì)量的RNA至少應(yīng)保證全長并且不含逆轉(zhuǎn)錄酶的抑制劑,，如EDTA或SDS。RNA的質(zhì)量決定了你能夠轉(zhuǎn)錄到cDNA上的序列信息量的zui大值,。一般的RNA純化方法是使用異硫氰酸胍／酸性酚的一步法,。

　　一般不必使用oligo（dT）選擇性分離poly（A）+RNA,。不管起始模板是總RNA還是poly（A）+RNA，都可以檢測到擴(kuò)增結(jié)果,。另外,，分離poly（A）+RNA會(huì)導(dǎo)致樣品間mRNA豐度的波動(dòng)變化，從而使信息的檢出和定量產(chǎn)生偏差,。然而,，當(dāng)分析稀有mRNA時(shí)，poly（A）+RNA會(huì)增加檢測的靈敏度,。

　　1．2RNA提取的zui大影響因素-RNA酶

　　在所有RNA實(shí)驗(yàn)中,，zui關(guān)鍵的因素是分離得到全長的RNA。而實(shí)驗(yàn)失敗的主要原因是核糖核酸酶（RNA酶）的污染,。由于RNA酶廣泛存在而穩(wěn)定,，可耐受多種處理而不被滅活，如煮沸,、高壓滅菌等,，RNA酶催化的反應(yīng)一般不需要輔助因子。因而RNA制劑中只要存在少量的RNA酶就會(huì)引起RNA在制備與分析過程中的降解,，而所制備的RNA的純度和完整性又可直接影響RNA分析的結(jié)果,，所以RNA的制備與分析操作難度很大。

　　在實(shí)驗(yàn)中,，一方面要嚴(yán)格控制外源性RNA酶的污染,；另一方面要zui大限度地抑制內(nèi)源性的RNA酶。外源性的RNA酶存在于操作人員的手汗,、唾液等,，也可存在于灰塵中。在其它分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中使用的RNA酶也會(huì)造成污染,。這些外源性的RNA酶可污染器械,、玻璃制品、塑料制品,、電泳槽,、研究人員的手及各種試劑。而各種組織和細(xì)胞中則含有大量內(nèi)源性的RNA酶,。

　　1．3常用的RNA酶抑制劑

　　*焦碳酸二乙酯（DEPC）：是一種強(qiáng)烈但不*的RNA酶抑制劑,。它通過和RNA酶的活性基團(tuán)組氨酸的咪唑環(huán)結(jié)合使蛋白質(zhì)變性，從而抑制酶的活性,。

　　*異硫氰酸胍：目前被認(rèn)為是zui有效的RNA酶抑制劑,，它在裂解組織的同時(shí)也使RNA酶失活。它既可破壞細(xì)胞結(jié)構(gòu)使核酸從核蛋白中解離出來,，又對(duì)RNA酶有強(qiáng)烈的變性作用,。

　　*氧釩核糖核苷復(fù)合物：由氧化釩離子和核苷形成的復(fù)合物,，它和RNA酶結(jié)合形成過渡態(tài)類物質(zhì)，幾乎能*抑制RNA酶的活性,。

　　*RNA酶的蛋白抑制劑（RNasin）：從大鼠肝或人胎盤中提取得來的酸性糖蛋白,。RNasin是RNA酶的一種非競爭性抑制劑，可以和多種RNA酶結(jié)合,，使其失活,。

　　*其它：SDS、尿素,、硅藻土等對(duì)RNA酶也有一定抑制作用,。

　　1．4防止RNA酶污染的措施、RNA提取之前需要注意和準(zhǔn)備的工作

　　*盡可能在實(shí)驗(yàn)室專門辟出RNA操作區(qū),，離心機(jī),、移液器、試劑等均應(yīng),。RNA操作區(qū)應(yīng)保持清潔,，并定期進(jìn)行除菌。

　　*操作過程中應(yīng)始終戴一次性橡膠手套和口罩,，并經(jīng)常更換,，以防止手、臂上的細(xì)菌和真菌以及人體自身分泌的RNase帶入各種容器內(nèi)或污染用具,。盡量避免使用一次性塑料手套,。塑料手套不僅常常給操作帶來不便，而且塑料手套的多出部分常常將器具有RNase處傳遞到RNase-free處,，擴(kuò)大污染,。

　　*盡量使用一次性的塑料制品，避免共用器具如濾紙,、tips,、tubes等，以防交叉污染,。例如,，從事RNA探針工作的研究者經(jīng)常使用RNaseH、T1等,，在操作過程中極有可能造成移液器、離心機(jī)等的污染,。而這些污染了的器具是RNA操作的大敵,。

　　*關(guān)于一次性塑料制品，建議使用廠家供應(yīng)的出廠前已經(jīng)滅菌的tips和tubes等,。多數(shù)廠家供應(yīng)的無菌塑料制品很少有RNase污染,，買來后可直接用于RNA操作,。用DEPC等處理的塑料制品，往往由于二次污染而帶有RNase,，從而導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)失敗,。

　　*所有的玻璃器皿均應(yīng)在使用前于180℃的高溫下干烤6hr或更長時(shí)間。

　　*無法用DEPC處理的用具可用氯仿擦拭若干次,，這樣通?？梢韵齊Nase的活性。

　　*配制溶液用的乙醇,、異丙醇,、Tris等應(yīng)采用未開封的新瓶裝試劑。

　　*塑料器皿可用0.1%DEPC水浸泡或用氯仿沖洗（注意：有機(jī)玻璃器具因可被氯仿腐蝕,，故不能使用）,。

　　*有機(jī)玻璃的電泳槽等，可先用去污劑洗滌,，雙蒸水沖洗,，乙醇干燥，再浸泡在3%H2O2室溫10min,，然后用0.1%DEPC水沖洗,，晾干。

　　*配制的溶液應(yīng)盡可能的用0.1%DEPC,，在37℃處理12hr以上,。然后用高壓滅菌除去殘留的DEPC。不能高壓滅菌的試劑,，應(yīng)當(dāng)用DEPC處理過的無菌雙蒸水配制,，然后經(jīng)0.22μm濾膜過濾除菌。

　　1．5RNA提取的一般步驟

　　RNA提取的一般步驟是：破碎組織→分離RNA→沉淀RNA→洗滌RNA→融解RNA→保存RNA

　　破碎組織和滅活RNA酶可以同步進(jìn)行,，可以用鹽酸胍,、硫氰酸胍、NP-40,、SDS,、蛋白酶K等破碎組織，加入β-ME可以抑制RNA酶活性,。

　　分離RNA一半用酚,、氯仿等有機(jī)溶劑，加入少量異戊醇,，經(jīng)過此步,，離心，RNA一般分布于上層,，與蛋白層分開,。

　　沉淀RNA一般用乙醇,、3MNaAc（pH-5.2）或異丙醇。

　　洗滌RNA使用70％乙醇洗滌,，有時(shí),，為避免RNA被洗掉，此步可以省掉,，洗滌之后可以晾干或者烤干乙醇,，但是不能過于干燥，否則不易溶解,。融解RNA一般使用TE,。

　　保存RNA應(yīng)該盡量低溫。為了防止痕量RNase的污染,，從富含RNase的樣品（如胰臟,、肝臟）中分離到的RNA需要貯存在甲醛中以保存高質(zhì)量的RNA，對(duì)于長期貯存更是如此,。從大鼠肝臟中提取的RNA,，在水中貯存一個(gè)星期就基本降解了，而從大鼠脾臟中提取的RNA,，在水中保存3年仍保持穩(wěn)定,。另外，長度大于4kb的轉(zhuǎn)錄本對(duì)于痕量RNase的降解比小轉(zhuǎn)錄本更敏感,。為了增加貯存RNA樣品的穩(wěn)定性,，可以將RNA溶解在去離子的甲酰胺中，存于-70℃,。用于保存RNA的甲酰胺一定不能含有降解RNA的雜物,。來源于胰臟的RNA至少可以在甲酰胺中保存一年。當(dāng)準(zhǔn)備使用RNA時(shí),，可以使用下列方法沉淀RNA：加入NaAc至0.3M,，12,000×g離心5分鐘。

　　1．6RNA抽提新方法-TRIZOL法

　　TRIZOL試劑是直接從細(xì)胞或組織中提取總RNA的試劑,。它在破碎和溶解細(xì)胞時(shí)能保持RNA的完整性,。加入氯仿后離心，樣品分成水樣層和有機(jī)層,。RNA存在于水樣層中,。收集上面的的水樣層后，RNA可以通過異丙醇沉淀來還原,。在除去水樣層后,，樣品中的DNA和蛋白也能相繼以沉淀的方式還原。乙醇沉淀能析出中間層的DNA，在有機(jī)層中加入異丙醇能沉淀出蛋白,。共純化DNA對(duì)于樣品間標(biāo)準(zhǔn)化RNA的產(chǎn)量十分有用。

　　TRIZOL是有毒物,，接觸皮膚或者不慎吞服,，會(huì)導(dǎo)致灼傷，一旦接觸皮膚后立即以大量的洗滌劑和清水清洗,。TRIZOL在室溫下能穩(wěn)定保存12個(gè)月,。盡管如此，為達(dá)到*效果,，建議保存在2-8°C的環(huán)境下,。

　　2．RT-PCR

　　RT-PCR是指將逆轉(zhuǎn)錄（ReverseTranscription；RT）反應(yīng)和PCR（PolymeraseChainReaction）反應(yīng)組合在一起的方法,。

　　2．1RT-PCR的原理

　　RT-PCR將以RNA為模板的cDNA合成同PCR結(jié)合在一起,，提供了一種分析基因表達(dá)的快速靈敏的方法。RT-PCR用于對(duì)表達(dá)信息進(jìn)行檢測或定量,。另外,，這項(xiàng)技術(shù)還可以用來檢測基因表達(dá)差異或不必構(gòu)建cDNA文庫克隆cDNA。RT-PCR比其他包括Northern印跡,、RNase保護(hù)分析,、原位雜交及S1核酸酶分析在內(nèi)的RNA分析技術(shù)，更靈敏,，更易于操作,。

　　RT-PCR的模板可以為總RNA或poly（A）+選擇性RNA。逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)可以使用逆轉(zhuǎn)錄酶,，以隨機(jī)引物,、oligo（dT）或基因特異性的引物（GSP）起始。RT-PCR可以一步法或兩步法的形式進(jìn)行,。在兩步法RT-PCR中,，每一步都在*條件下進(jìn)行。cDNA的合成首先在逆轉(zhuǎn)錄緩沖液中進(jìn)行,，然后取出1/10的反應(yīng)產(chǎn)物進(jìn)行PCR,。在一步法RT-PCR中，逆轉(zhuǎn)錄和PCR在同時(shí)為逆轉(zhuǎn)錄和PCR優(yōu)化的條件下,，在一只管中順次進(jìn)行,。

　　2．2RT-PCR的步驟

　　⑴在冰浴離心管里面加入模板RNA4uL,，引物2uL,，去離子水5uL，混勻，離心3-5秒,；

　?、?0度水浴5分鐘,，冰浴30秒（此處是為了使引物和模板正確配對(duì)）,；

　?、羌尤?×反應(yīng)液4uL，RNase抑制劑1uL,，dNTP2uL（這些應(yīng)該先配好,，然后分再裝到每一管）,，混勻,；

　　⑷37度水浴5分鐘,，加入1uLAMV-RT反轉(zhuǎn)錄酶，混勻；

　?、?7度水浴1小時(shí)（此步是反轉(zhuǎn)錄過程）,；

　　⑹70度10分鐘結(jié)束反應(yīng)（此處是滅活酶活性,，避免對(duì)后續(xù)實(shí)驗(yàn)產(chǎn)生干擾）,，產(chǎn)物置冰上進(jìn)行下一步PCR實(shí)驗(yàn),，余下的-70度保存。2．3RT-PCR的引物設(shè)計(jì)

　　RT-PCR引物設(shè)計(jì)和一般PCR引物設(shè)計(jì)可以遵循同樣的原則,。細(xì)心地進(jìn)行引物設(shè)計(jì)是PCR中zui重要的一步。理想的引物對(duì)只同目的序列兩側(cè)的單一序列而非其他序列退火,。設(shè)計(jì)糟糕的引物可能會(huì)同擴(kuò)增其他的非目的序列,。設(shè)計(jì)理想的引物都有以下共同的特點(diǎn)，而設(shè)計(jì)失敗的引物則各有各的缺點(diǎn)：

　　*典型的引物18到24個(gè)核苷長,。引物需要足夠長,，保證序列*性，并降低序列存在于非目的序列位點(diǎn)的可能性。但是長度大于24核苷的引物并不意味著更高的特異性,。較長的序列可能會(huì)與錯(cuò)誤配對(duì)序列雜交,，降低了特異性，而且比短序列雜交慢,，從而降低了產(chǎn)量,。

　　*選擇GC含量為40％到60％或GC含量反映模板GC含量的引物。

　　*設(shè)計(jì)5'端和中間區(qū)為G或C的引物,。這會(huì)增加引物的穩(wěn)定性和引物同目的序列雜交的穩(wěn)定性,。

　　*避免引物對(duì)3'末端存在互補(bǔ)序列，這會(huì)形成引物二聚體,，抑制擴(kuò)增,。

　　*避免3'末端富含GC,。設(shè)計(jì)引物時(shí)保證在zui后5個(gè)核苷中含有3個(gè)A或T。

　　*避免3'末端的錯(cuò)誤配對(duì),。3'端核苷需要同模板退火以供聚合酶催化延伸,。

　　*避免存在可能會(huì)產(chǎn)生內(nèi)部二級(jí)結(jié)構(gòu)的序列，這會(huì)破壞引物退火穩(wěn)定性,。

　　目的序列上并不存在的附加序列,，如限制位點(diǎn)和啟動(dòng)子序列，可以加入到引物5'端而不影響特異性,。當(dāng)計(jì)算引物Tm值時(shí)并不包括這些序列,，但是應(yīng)該對(duì)其進(jìn)行互補(bǔ)性和內(nèi)部二級(jí)結(jié)構(gòu)的檢測。

　　引物的穩(wěn)定性依賴于儲(chǔ)存條件。應(yīng)將干粉和溶解的引物儲(chǔ)存在-20℃。以大于10μM濃度溶于TE的引物在-20℃可以穩(wěn)定保存6個(gè)月,，但在室溫（15℃到30℃）僅能保存不到1周,。干粉引物可以在-20℃保存至少1年,，在室溫（15℃到30℃）zui多可以保存2個(gè)月,。

　　2．4引物退火溫度

　　引物的另一個(gè)重要參數(shù)是熔解溫度（Tm）,。這是當(dāng)50％的引物和互補(bǔ)序列表現(xiàn)為雙鏈DNA分子時(shí)的溫度。Tm對(duì)于設(shè)定PCR退火溫度是必需的,。在理想狀態(tài)下，退火溫度足夠低,，以保證引物同目的序列有效退火,，同時(shí)還要足夠高,，以減少非特異性結(jié)合。合理的退火溫度從55℃到70℃,。退火溫度一般設(shè)定比引物的Tm低5℃,。

　　根據(jù)所使用的公式及引物序列的不同,，Tm會(huì)差異很大。因?yàn)榇蟛糠止教峁┮粋€(gè)估算的Tm值,，所有退火溫度只是一個(gè)起始點(diǎn)?？梢酝ㄟ^分析幾個(gè)逐步提高退火溫度的反應(yīng)以提高特異性,。開始低于估算的Tm5℃,，以2℃為增量,，逐步提高退火溫度,。較高的退火溫度會(huì)減少引物二聚體和非特異性產(chǎn)物的形成。為獲得*結(jié)果,，兩個(gè)引物應(yīng)具有近似的Tm值,。引物對(duì)的Tm差異如果超過5℃，就會(huì)由于在循環(huán)中使用較低的退火溫度而表現(xiàn)出明顯的錯(cuò)誤起始,。如果兩個(gè)引物Tm不同,，將退火溫度設(shè)定為比zui低的Tm低5℃?；蛘邽榱颂岣咛禺愋?，可以在根據(jù)較高Tm設(shè)計(jì)的退火溫度先進(jìn)行5個(gè)循環(huán),，然后再根據(jù)較低Tm設(shè)計(jì)的退火溫度進(jìn)行剩余的循環(huán)。這使得在較為嚴(yán)謹(jǐn)?shù)臈l件下可以獲得目的模板的部分拷貝,。

　　2．5提高逆轉(zhuǎn)錄保溫溫度

　　較高的保溫溫度有助于RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的打開,，增加了反應(yīng)的產(chǎn)量。對(duì)于多數(shù)RNA模板,，在沒有緩沖液或鹽的條件下,，將RNA和引物在65℃保溫，然后迅速置于冰上冷卻,，可以消除大多數(shù)二級(jí)結(jié)構(gòu),，從而使引物可以結(jié)合。然而某些模板仍然會(huì)存在二級(jí)結(jié)構(gòu),，即使熱變性后也是如此,。較高的保溫溫度也可以增加特異性，尤其是當(dāng)使用基因特異性引物（GSP）進(jìn)行cDNA合成時(shí),。如果使用GSP,，確保引物的Tm值與預(yù)計(jì)的保溫溫度相同。不要在高于60℃時(shí)使用oligo（dT）和隨機(jī)引物,。隨機(jī)引物需要在增加到60℃前在25℃保溫10分鐘,。除了使用較高的逆轉(zhuǎn)錄溫度外，還可以通過直接將RNA/引物混合物從65℃變性溫度轉(zhuǎn)到逆轉(zhuǎn)錄保溫溫度,，并加入預(yù)熱的2×的反應(yīng)混合物提高特異性（cDNA熱啟動(dòng)合成）,。這種方法有助于防止較低溫度時(shí)所發(fā)生的分子間堿基配對(duì)。使用PCR儀可以簡化RT-PCR所需的多種溫度切換,。

　　2．6促進(jìn)逆轉(zhuǎn)錄的添加劑

　　包括甘油和DMSO在內(nèi)的添加劑加到*鏈合成反應(yīng)中,，可以減低核酸雙鏈的穩(wěn)定并解開RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)，zui多可以加入20％的甘油或10％的DMSO而不影響或MMLV的活性,。AMV也可以耐受zui多20％的甘油而不降低活性,。為了在逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)中zui大限度提高RT-PCR的靈敏度，可以加入10％的甘油并在45℃保溫,。如果1/10的逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)產(chǎn)物加入到PCR中,，那甘油在擴(kuò)增反應(yīng)中的濃度為0.4％，這不足以抑制PCR,。

　　在逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)中經(jīng)常加入RNase抑制劑以增加cDNA合成的長度和產(chǎn)量,。RNase抑制劑要在*鏈合成反應(yīng)中，在緩沖液和還原劑（如DTT）存在的條件下加入,，因?yàn)閏DNA合成前的過程會(huì)使抑制劑變性,，從而釋放結(jié)合的可以降解RNA的RNase。蛋白R(shí)Nase抑制劑僅防止RNaseA,，B,，C對(duì)RNA的降解,，并不能防止皮膚上的RNase，因此盡管使用了這些抑制劑,，也要小心不要從手指上引入RNase,。

　　使用無RNaseH活性（RNaseH-）的逆轉(zhuǎn)錄酶：逆轉(zhuǎn)錄酶催化RNA轉(zhuǎn)化成cDNA，不管是M-MLV還是AMV,，在本身的聚合酶活性之外,，都具有內(nèi)源RNaseH活性。RNaseH活性同聚合酶活性相互競爭RNA模板與DNA引物或cDNA延伸鏈間形成的雜合鏈,，并降解RNA：DNA復(fù)合物中的RNA鏈,。被RNaseH活性所降解的RNA模板不能再作為合成cDNA的有效底物，降低了cDNA合成的產(chǎn)量和長度,。因此消除或大大降低逆轉(zhuǎn)錄酶的RNaseH活性將會(huì)大有裨益,。RNaseH-的MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶及RNaseH-的AMV，比MMLV和AMV能得到更多量和更多全長,。RT-PCR靈敏度會(huì)受cDNA合成量的影響,。RT-PCR產(chǎn)物的大小受限于逆轉(zhuǎn)錄酶合成cDNA的能力，尤其是克隆較大的cDNA時(shí),。RNaseH-的逆轉(zhuǎn)錄酶可以顯著提高長RT-PCR產(chǎn)物的產(chǎn)量,，同時(shí)增加了熱穩(wěn)定性，所以反應(yīng)可以在高于正常的37-42℃的溫度下進(jìn)行,。

　　2．7RNaseH處理

　　在PCR之前使用RNaseH處理cDNA合成反應(yīng)可以提高靈敏度,。對(duì)于某些模板，據(jù)認(rèn)為cDNA合成反應(yīng)中的RNA會(huì)阻止擴(kuò)增產(chǎn)物的結(jié)合,，在這種情況下,，RNaseH處理可以增加靈敏度。一般當(dāng)擴(kuò)增較長的全長cDNA目標(biāo)模板時(shí),，RNaseH處理是必需的，比如低拷貝的,。對(duì)這種困難模板,，RNaseH的處理加強(qiáng)了或AMV合成的cDNA所產(chǎn)生的信號(hào)。對(duì)于多數(shù)RT-PCR反應(yīng),，RNaseH處理是可選的,，因?yàn)?5℃保溫的PCR變性步驟一般會(huì)將RNA：DNA復(fù)合物中的RNA水解掉。2．8小量RNA檢測方法的提高

　　當(dāng)僅有小量RNA時(shí),，RT-PCR尤其具有挑戰(zhàn)性,。在RNA分離過程中加入的作為載體的糖元有助于增加小量樣品的產(chǎn)量?？梢栽诩尤隩rizol的同時(shí)加入無RNase的糖元,。糖元是水溶性的,，可以同RNA保持在水相中以輔助隨后的沉淀。對(duì)于小于50mg的組織或106個(gè)培養(yǎng)細(xì)胞的樣品,，無RNase糖元的建議濃度為250μg/ml,。

　　2．9一步法同兩步法RT-PCR的比較

　　兩步法RT-PCR比較常見，在使用一個(gè)樣品檢測多個(gè)mRNA時(shí)比較有用,。然而一步法RT-PCR具有其他優(yōu)點(diǎn),。一步法RT-PCR在處理大量樣品時(shí)易于操作，有助于減少殘余污染,，因?yàn)樵赾DNA合成和擴(kuò)增之間不需要打開管蓋,。一步法可以得到更高的靈敏度，zui低可以達(dá)到0.1pg總RNA,，這是因?yàn)檎麄€(gè)cDNA樣品都被擴(kuò)增,。對(duì)于成功的一步法RT-PCR，一般使用反義的基因特異性引物起始cDNA合成,。

　　2．10增加RT-PCR特異性

　　*鏈cDNA合成的起始可以使用三種不同的方法,，各種方法的相對(duì)特異性影響了所合成cDNA的量和種類。

　　隨機(jī)引物法是三種方法中特異性zui低的,。引物在整個(gè)轉(zhuǎn)錄本的多個(gè)位點(diǎn)退火,，產(chǎn)生短的，部分長度的cDNA,。這種方法經(jīng)常用于獲取5'末端序列及從帶有二級(jí)結(jié)構(gòu)區(qū)域或帶有逆轉(zhuǎn)錄酶不能復(fù)制的終止位點(diǎn)的RNA模板獲得cDNA,。為了獲得zui長的cDNA，需要按經(jīng)驗(yàn)確定每個(gè)RNA樣品中引物與RNA的比例,。隨機(jī)引物的起始濃度范圍為50到250ng每20μl反應(yīng)體系,。因?yàn)槭褂秒S機(jī)引物從總RNA合成的cDNA主要是核糖體RNA，所以模板一般選用poly（A）+RNA,。

　　Oligo（dT）起始比隨機(jī)引物特異性高,。它同大多數(shù)真核細(xì)胞mRNA3'端所發(fā)現(xiàn)的poly（A）尾雜交。因?yàn)閜oly（A）+RNA大概占總RNA的1%到2％,，所以與使用隨機(jī)引物相比,，cDNA的數(shù)量和復(fù)雜度要少得多。因?yàn)槠漭^高的特異性,，oligo（dT）一般不需要對(duì)RNA和引物的比例及poly（A）+選擇進(jìn)行優(yōu)化,。建議每20μl反應(yīng)體系使用0.5μgoligo（dT）。oligo（dT）12-18適用于多數(shù)RT-PCR,。ThermoScriptRT-PCRSystem提供了oligo（dT）20,，因?yàn)槠錈岱€(wěn)定性較好，適用于較高的保溫溫度。

　　基因特異性引物（GSP）對(duì)于逆轉(zhuǎn)錄步驟是特異性的引物,。GSP是反義寡聚核苷,，可以特異性地同RNA目的序列雜交，而不象隨機(jī)引物或oligo（dT）那樣同所有RNA退火,。用于設(shè)計(jì)PCR引物的規(guī)則同樣適用于逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)GSP的設(shè)計(jì),。GSP可以同與mRNA3'zui末端退火的擴(kuò)增引物序列相同，或GSP可以設(shè)計(jì)為與反向擴(kuò)增引物的下游退火,。對(duì)于部分?jǐn)U增對(duì)象,，為了成功進(jìn)行RT-PCR，需要設(shè)計(jì)多于一個(gè)反義引物,，因?yàn)槟康腞NA的二級(jí)結(jié)構(gòu)可能會(huì)阻止引物結(jié)合,。建議在20μl的*鏈合成反應(yīng)體系中使用1pmol反義GSP。

　　2．11提高逆轉(zhuǎn)錄保溫溫度

　　為了充分利用GSP特異性的全部優(yōu)點(diǎn),，應(yīng)該使用有較高熱穩(wěn)定性的逆轉(zhuǎn)錄酶,。熱穩(wěn)定逆轉(zhuǎn)錄酶可以在較高溫度保溫以增加反應(yīng)嚴(yán)謹(jǐn)性。比如,，如果一個(gè)GSP退火溫度為55℃,，那么如果使用AMV或M-MLV在低嚴(yán)謹(jǐn)性的37℃進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄，GSP所帶有的特異性就沒有*利用,。然而某些特別的逆轉(zhuǎn)錄酶可以在50℃或更高進(jìn)行反應(yīng),，這就會(huì)消除較低溫度時(shí)產(chǎn)生的非特異性產(chǎn)物。為獲得zui大的特異性,，可以將RNA/引物混合物直接從65℃變性溫度轉(zhuǎn)移到逆轉(zhuǎn)錄保溫溫度,。這有助于防止低溫時(shí)分子間堿基配對(duì)。使用PCR儀可以簡化RT-PCR所需的多種溫度轉(zhuǎn)換,。

　　2．12減少基因組DNA污染

　　RT-PCR所遇到的一個(gè)潛在的困難是RNA中沾染的基因組DNA,。使用較好的RNA分離方法，如Trizol,，會(huì)減少RNA制備物中沾染的基因組DNA,。為了避免產(chǎn)生于基因組DNA的產(chǎn)物，可以在逆轉(zhuǎn)錄之前使用擴(kuò)增級(jí)的DNaseⅠ對(duì)RNA進(jìn)行處理以除去沾染的DNA,。將樣品在2.0mMEDTA中65℃保溫10分鐘以終止DNaseⅠ消化,。EDTA可以螯合鎂離子，防止高溫時(shí)所發(fā)生的依賴于鎂離子的RNA水解,。

　　為了將擴(kuò)增的cDNA同沾染的基因組DNA擴(kuò)增產(chǎn)物分開,，可以設(shè)計(jì)分別同分開的外顯子退火的引物,。來源于cDNA的PCR產(chǎn)物會(huì)比來源于沾染的基因組DNA的產(chǎn)物短,。另外對(duì)每個(gè)RNA模板進(jìn)行一個(gè)無逆轉(zhuǎn)錄的對(duì)照實(shí)驗(yàn)，以確定一個(gè)給定片段是來自基因組DNA還是cDNA。在無逆轉(zhuǎn)錄時(shí)所得到的PCR產(chǎn)物來源于基因組,。