分析和判斷色譜儀的故障所在，就必須要熟悉氣相色譜的流程和氣,、電路這兩大系統(tǒng),，特別是構(gòu)成這兩個(gè)系統(tǒng)部件的結(jié)構(gòu)、功能,。色譜儀的故障是多種多樣的,，而且某一故障產(chǎn)生的原因也是多方面的，必須采用部分檢查的方法,，即排除法,，才可能縮小故障的范圍。對(duì)于氣路系統(tǒng)出的故障,，不外乎是各種氣體（特別是載氣）有漏氣的現(xiàn)象,、氣體不好、氣體穩(wěn)壓穩(wěn)流不好等等,，氣路產(chǎn)生的“鬼峰"和峰的丟失較為普遍,。另外，色譜柱的“老化"過程沒有充分或柱溫過高,，產(chǎn)生的“液相遺失"等“鬼峰"也會(huì)頻頻出現(xiàn),。所以，首先應(yīng)該解決氣路問題,，若氣路無問題,，則看電路問題，色譜氣路上的故障,，分析工作者可以找出并排除,，但要排除電路上的故障則并非易事，就需要分析工作者有一定的電子線路方面的知識(shí),，并且要弄清楚主機(jī)接線圖和各系統(tǒng)的電原理圖（尤其是接線圖）,。在這些圖上清楚的畫出了控制單元和被控對(duì)象間的關(guān)系，具體的標(biāo)明了各接插件引線的編號(hào)和去向,，按圖去檢查電路,、找尋故障是非常方便的,。色譜電路系統(tǒng)的故障，一般是溫度控制系統(tǒng)的故障和檢測放大系統(tǒng)的故障,，當(dāng)然不排除供給各系統(tǒng)的電源的故障,。溫控系統(tǒng)（包括柱溫、檢測器溫控,、進(jìn)樣器溫控）的主回路由可控硅和加熱絲所組成,，可控硅導(dǎo)通角的變化，使加熱功率變化,，而使溫度變化（恒定或不恒定）,。而控制可控硅導(dǎo)通角變化的是輔回路（或稱控溫電路），包括鉑電阻（熱敏元件）和線性集成電路等等,。 由上所述可知,，若是溫控系統(tǒng)的毛病，則應(yīng)首先要檢查可控硅是否壞,，加熱絲是否壞（斷或短路）,，鉑電阻是否壞（斷或短路）或是否接觸不良。其次檢查輔回路的其它電子部件,。,。放大系統(tǒng)常見故障是離子訊號(hào)線受潮或斷開、高阻開關(guān)（即靈敏度選擇）受潮,、集成運(yùn)算放大器（如：AD515JH,、OP07等）性能變差或壞等等。 色譜故障的排除既要做到局部又要考慮到整體,，有“果"必有“因",，弄清線路的走向，逐步排除產(chǎn)生“果"（故障）的“因",，把故障范圍縮小,。例如：若出現(xiàn)基線不停的抖動(dòng)或基線噪音很大時(shí)，可先將放大器的訊號(hào)輸入線斷開,，觀察基線情況,，如果恢復(fù)正常，則說明故障不在放大器和處理機(jī)（或記錄儀）,，而在氣路部分或溫度控制單元,；反之，則說明故障發(fā)生在放大器,、記錄儀（或處理機(jī)）等單元上,。這種部分排除的檢查故障方法，在實(shí)際中是非常有用的,。
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