這種方法可以檢測和定量合成類mRNA中大多數修飾的核苷,。這不僅包括在體外轉錄過程中有意通過三磷酸鹽引入的修飾，還包括商業(yè)化NTP原料變化引入的雜質,，核苷被氧化產生的雜質等,。該方法還能檢測從帽結構釋放的m7G或核糖甲基化修飾。使用LC-MS/MS,，可以在核苷水平上分析mRNA,，從而在單次運行中檢測和量化數十種不同的修飾核苷。該方法可以很容易地對體外轉錄的NTP進行質量控制,。
溶液A：5mM醋酸銨緩沖液,。乙酸調pH到5.3
溶液B：乙腈。必須使用LC-MS級
梯度條件：見下表
樣品制備
用0.6U的核酸酶P1、0.2U的蛇毒磷酸二酯酶,、0.2U的牛腸磷酸酶和10U的Benzonase核酸酶,，在5mM Tris （pH8）和1mM氯化鎂溶液中，37℃酶解2小時,，將10μg的RNA酶切至核苷水平,。另外，可以選擇性地添加脫氨酶抑制劑,，如噴司他?。ㄏ佘彰摪泵敢种苿?00ng）和四氫尿苷（胞苷脫氨酶抑制劑,，500ng），以避免核苷降解,。
標樣：腺苷或另一種主要核苷（C, U或G）
色譜系統(tǒng)
色譜柱：Synergi Fusion, 4μm, 80?孔徑, 250×2.0mm; Phenomenex
柱溫：35℃
流速：0.35mL/min
檢測器：UV 254nm
儀器參數
質譜儀：配備電噴霧離子源（ESI）的三重四極桿
模式：正離子模式,，dMRM（動態(tài)多反應監(jiān)測）
ESI參數：氣體溫度300℃，氣體流量7L/min,，霧化器壓力60psi,，鞘氣溫度400°C，鞘氣流量12L/min,，毛細管電壓3000v,，噴嘴電壓0v
QQQ參數：取決于必須檢測的修飾核苷。建議對每臺質譜儀的儀器參數（破碎器,、碰撞能量,、加速器電壓）進行優(yōu)化，以達到最佳靈敏度
分析——相對定量
用MS/MS法測定各修飾核苷的峰面積,。
修飾核苷的量用腺苷校正,，以消除進樣量不同帶來的差異。為此,，從254nm處記錄的紫外色譜中獲取腺苷的峰面積,。
通過在每個樣品中加入同位素標記的標準物進行定量。
A(MS mod)=修飾核苷酸的MS峰面積
n(ISTD)=每個樣品的內標量
A(MS ISTD)=內標質譜峰的面積
A(UV腺苷)=腺苷的峰面積
或者,，可以選擇另一種主核苷（C,、U或G）進行校正。例如,，在酶促多聚腺苷酸化的情況下,，它會導致未知或不同數量的腺苷。
分析——絕對定量
用MS/MS法測定各修飾核苷的峰面積,。
修飾核苷的量用腺苷校正,，以消除進樣量不同帶來的差異。為此，從254nm處記錄的紫外色譜中提取腺苷的峰面積,。
使用外部校準溶液進行絕對定量,。準備濃度為0.1、0.5,、1,、5、10,、50,、100和500nM的校準溶液，用于MS/MS檢測修正,，每個修飾含有等量的內標,。
每種稀釋液注入10μL，在1-5000fmol范圍內進行校準,。對于腺苷,，準備濃度為0.1、1,、10和100fmol的校準溶液,。每種稀釋液注入5μL，在0.5-500pmol范圍內進行校準,。響應因子對應于校準曲線線性擬合的斜率（峰面積對應于各自的量）,。
X(每個修主核苷的修飾量)=絕對定量，每個主核苷修飾量
A(MS mod)=各自修飾的MS峰面積
A(MS ISTD)=內標質譜峰的面積
n(ISTD)=每個樣品的內標量
rf(MS mod/MS ISTD)=各自修飾物與內標物之比的響應因子
A(UV腺苷)=腺苷的紫外峰面積
RF(UV腺苷)=相應修飾的響應因子
對于已定義的已知序列的mRNA：
修飾核苷的數量可以歸一化為RNA分子的數量,。
X(mod/RNA)=絕對定量,，每個RNA分子的修飾量
N(腺苷)=RNA序列中各自修飾的數目
或者，可以選擇另一種主核苷（C,、U或G）進行歸一化,。防止在酶促聚腺苷酸化的情況下，導致未知數量的腺苷,。
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