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CI-600 植物根系圖像分析儀

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根系生長圖像

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上海澤泉科技股份有限公司(Zealquest Scientific Technology Co., Ltd.)成立于2000年,,是一家專注于科研設(shè)備研發(fā),、系統(tǒng)集成、技術(shù)推廣,、咨詢,、銷售和科研服務(wù)的科技型技術(shù)企業(yè)。公司注冊資金3500萬元人民幣,,具有進出口貿(mào)易權(quán),。

公司總部位于上海浦西,在北京設(shè)有分公司,,在廣州,、成都、武漢分別設(shè)有代表處。公司全體員工均具有高等教育背景,,其中80%的技術(shù)研發(fā),、技術(shù)支持和銷售人員具有碩士和博士學(xué)位,參加過很多國家和省部級重大科研項目,,具有豐富的科研工作經(jīng)驗,。公司曾獲得上海市普陀區(qū)科技小巨人企業(yè)、上海市科技型企業(yè)中華全國工商聯(lián)合會/上海市工商聯(lián)合會/上海市商會會員單位,,曾是上海市專業(yè)技術(shù)服務(wù)平臺——生理生態(tài)測量與分析平臺的依托單位和上海市高新技術(shù)成果轉(zhuǎn)化項目承擔(dān)單位,。2012年公司通過了ISO9001質(zhì)量管理體系認(rèn)證,獲得AAA信用資質(zhì)等級認(rèn)定,,獲得普陀區(qū)科技小巨人企業(yè)認(rèn)定,,成為上海市研發(fā)公共服務(wù)平臺加盟單位和“上海市工商聯(lián)合會”/“上海市商會”會員單位 。2015年獲得“專精特新”中小企業(yè)認(rèn)定,。2016年成為“上海市生態(tài)學(xué)學(xué)會常務(wù)理事單位”和“上海種子行業(yè)協(xié)會”會員單位,,2017年成為“上海市農(nóng)業(yè)工程學(xué)會理事單位”。
上海澤泉科技股份有限公司非常注重自主知識產(chǎn)權(quán)的申報和保護,,截止2021年底已獲得發(fā)明6項,、實用新型53項及軟件著作9項,國內(nèi)外科研期刊發(fā)表科研論文20多篇,。公司還參與承擔(dān)了國家自然科學(xué)基金重點項目(41030529)和水利部948項目(200907),。
公司秉承推進中國生態(tài)環(huán)境改善、農(nóng)業(yè)興國的理念,,服務(wù)涉及植物表型組學(xué)和基因組學(xué),、植物生理生態(tài)、土壤,、環(huán)境氣象,、水文水利、氫農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域的科研和技術(shù)支持,,服務(wù)對象主要為各級科研單位,、高校和政府機構(gòu)。公司先后為科技部“973”項目和“863”項目,、國家科技重大專項,、國家科技支撐計劃、國家“211”工程和“985”工程,、中科院知識創(chuàng)新工程,、農(nóng)業(yè)部“948”項目、水利部“948”項目等提供技術(shù)咨詢,、儀器設(shè)備,、系統(tǒng)解決方案和系統(tǒng)集成服務(wù),,為項目的順利完成提供了有力支持。
多年來,,公司積極參與相關(guān)領(lǐng)域的學(xué)術(shù)會議,并定期舉辦相關(guān)儀器設(shè)備的技術(shù)講座和培訓(xùn)班,,在科研和監(jiān)測領(lǐng)域產(chǎn)生了積極的反響,,獲得了良好的口碑。截止2021年底,,澤泉科技舉辦公開技術(shù)講座200多場,,參會人員超過10000人次;同時在國內(nèi)外應(yīng)邀參加學(xué)術(shù)會議和展會200多次,,與相關(guān)領(lǐng)域的客戶有非常密切的交流合作,。
2014年2月,上海澤泉科技股份有限公司在上海浦東孫橋現(xiàn)代農(nóng)業(yè)園區(qū)投資成立了上海乾菲諾農(nóng)業(yè)科技有限公司,,建設(shè)了AgriPhenoTM “高通量植物基因型-表型-育種服務(wù)平臺”,,為植物科研和育種單位提供全面的樣品收集和栽培,實驗設(shè)計和項目合作,,以及表型數(shù)據(jù)與生物信息學(xué)分析綜合服務(wù),。平臺成功主持了上海張江國家自主創(chuàng)新示范區(qū)專項發(fā)展資金重點項目“澤泉科技高通量植物基因型-表型-育種服務(wù)平臺”。作為主持單位或合作單位參與了上海市農(nóng)委和科委的30多項政府科研服務(wù)項目以及商業(yè)服務(wù)項目,,如科技興農(nóng)種業(yè)發(fā)展項目“農(nóng)作物分子育種的技術(shù)創(chuàng)新研究”和“青菜高通量表型圖譜標(biāo)準(zhǔn)的建立及主要性狀分析”,、科技興農(nóng)重點攻關(guān)項目“基于圖像分析及三維建模技術(shù)的黃瓜長勢快速評價方法研究”、 “蘭科觀賞花卉分子育種技術(shù)研究與產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用”等,。為了緊追世界科技發(fā)展水平,,開啟院企合作建立研究型平臺的創(chuàng)新嘗試,上海澤泉科技股份有限公司與上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院,,結(jié)合雙方各自的優(yōu)勢,,于2021年5月在上海農(nóng)業(yè)科學(xué)院莊行試驗站聯(lián)合成立“上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院莊行綜合試驗站澤泉科技植物表型技術(shù)研究平臺”,AgriPhenoTM平臺從上海浦東孫橋現(xiàn)代農(nóng)業(yè)園區(qū)整體遷出,,并入新建的植物表型技術(shù)研究平臺,。目前平臺除擁有無人機表型平臺、溫室型和實驗室型高通量表型分析系統(tǒng)外,,還擁有現(xiàn)代化溫室,、生物學(xué)實驗室、植物生理生態(tài)測量設(shè)備,、農(nóng)業(yè)氣象測量系統(tǒng)和專業(yè)的數(shù)據(jù)庫平臺,,已經(jīng)具備了對植物、動物基因測序與植物表型研究的各類條件,??梢猿袚?dān)高通量DNA提取,、基因測序服務(wù)、分子輔助育種,、植物生理生態(tài)研究等科研實驗任務(wù),。同時可以為植物功能基因組、農(nóng)業(yè)育種家提供高通量植物基因型測試,、高通量植物表型測試和植物基因型-表型生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析等開放式服務(wù),。
公司積極響應(yīng)上海市政府“崇明生態(tài)島建設(shè)”的發(fā)展方向,2016年12月澤泉科技在崇明城橋鎮(zhèn)投資成立了子公司—上海金盞農(nóng)業(yè)發(fā)展有限公司,,擴展建設(shè)田間智能化育種服務(wù)平臺,,以及智能化農(nóng)業(yè)物聯(lián)網(wǎng)“農(nóng)業(yè)云平臺”,以生態(tài)鄉(xiāng)村,、能源鄉(xiāng)村的發(fā)展模式,,展示并實施公司自主研發(fā)的先進的農(nóng)業(yè)樓宇基礎(chǔ)設(shè)施、溫室與田間的智能化“多因子”調(diào)控的栽培管理模式,;擬建成擁有田間型高通量表型分析系統(tǒng)的“AgriPheno智能化育種服務(wù)平臺”,,提高上海種業(yè)商業(yè)化育種的進程,并服務(wù)于全國和國外相關(guān)育種科研單位,。
展望未來,,上海澤泉科技股份有限公司希望在社會多方資源的支持和關(guān)懷下,不斷提升自己,,為社會提供更多,、更優(yōu)秀的產(chǎn)品和服務(wù)!


CI-340手持式光合儀,;CI-203手持式激光葉面積儀,;CI-202葉面積儀;CI-110冠層分析儀,;CI-600根系生長監(jiān)測儀

1 背景
根系對植物起著支撐作用,,是植物的吸水器官,吸鹽器官,,在生態(tài)系統(tǒng)的生物地球化學(xué)循環(huán)中扮演著重要角色,。但是,由于根系是大多數(shù)陸地生態(tài)系統(tǒng)“隱藏的一半”,,對它進行準(zhǔn)確取樣,、測定、觀察存在一定困難,。長期以來,,對根系的研究主要還是采用挖掘法、土鉆法,、土柱法,、容器法,、剖面法等傳統(tǒng)方法,采樣破壞性大,、工作量大,,嚴(yán)重阻礙了根系研究的深入開展?!?strong>科學(xué)》雜志于2004年6月出版了一本專輯認(rèn)為“人類對自己腳下土壤的了解遠(yuǎn)遠(yuǎn)不及對宇宙的了解”,,更是佐證了地下生態(tài)學(xué)的研究難度之大。所以,,根系研究方法的選擇,相對于對地上部分而言對研究結(jié)果具有更大的影響,。


為了協(xié)助科研人員更好的進行根系研究,,更深入的了解地下“隱藏的一半”,澤泉生態(tài)開放實驗室(Zealquest Laboratory for Ecological Research)推出一套根系研究的系統(tǒng)解決方案,,希望這套方案能為科研人員的研究起到一定的幫助,。

2 根系研究的系統(tǒng)解決方案
2.1 功能
1)原位、非破壞的研究植物根系
2)*分析植物根系
3)長期監(jiān)測植物根系的生長動態(tài)
4)大容量,、高效率,、高精度的獲取根系信息
5)利用盆栽植物進行大批量快速篩選,獲得合適的突變株后直接移植到室外土壤中,,繼續(xù)進行長期監(jiān)測,,進行長期的系統(tǒng)性實驗

2.2 所需設(shè)備及用途
1)植物根系X-光掃描成像分析系統(tǒng)RootViz FS(室內(nèi)
* 對盆栽植物的根系進行原位成像分析,可以拍攝根系的X-光立體照片
* *分析植物根系所有部分
* 在植物生長的不同階段對根系的生長進行長期動態(tài)監(jiān)測
大批量篩選根系突變株
*可控條件下進行根系的生理,、病理研究

2)植物根系生長監(jiān)測監(jiān)測系統(tǒng)CI-600(室外
* 非破壞性的原位360度多層次旋轉(zhuǎn)式掃描成像系統(tǒng)
可定點,、連續(xù)觀測根系在整個生長季的動態(tài)變化
* 大批量埋設(shè)根管,大量樣點的長期監(jiān)測

3)植物根系分析軟件WinRHIZO Tron MF
* 對RootViz FS和CI-600的測量結(jié)果進行分析
* 可以分別對總根,、活動根,、活動根段的測量數(shù)據(jù)進行全面分析
* 可以改變顯示信息的顏色,給圖片,、根系和片段添加注釋
* 可以拼接不同深度,、不同時間獲得的圖像,進行時空動力學(xué)變化分析

3 植物根系X-光掃描成像系統(tǒng)RootViz FS
*款為植物根系拍攝X-光照片的系統(tǒng),,獲得2007年美國R&D 100大獎(“發(fā)明界的奧斯卡獎”)的產(chǎn)品,。RootViz FS可以高效、高精度,、非破壞性的對盆栽植物的根系進行原位成像分析,,可以*分析植物根系的所有部分(包括根尖等),并且可以在植物生長的不同階段對根系進行長期動態(tài)監(jiān)測,。









小型分析系統(tǒng)

大型分析系統(tǒng)

大型分析系統(tǒng)的內(nèi)部構(gòu)造


3.1 對植物根系進行X-光掃描成像的原理
植物根系生長在特制的X-光可穿透的培養(yǎng)容器和培養(yǎng)介質(zhì)中,,一側(cè)用低能數(shù)字X-光發(fā)射器發(fā)出X-射線,,穿過培養(yǎng)容器和介質(zhì)后在另一側(cè)通過閃爍發(fā)光體將X-射線轉(zhuǎn)換成可見光,然后利用數(shù)碼相機進行檢測,。由于培養(yǎng)容器和介質(zhì)可被X-光穿透,,而根系不被穿透,這樣就獲得了根系的X-光影像圖,。由于選擇的是低能X-光,,即使密度很低的根尖也不會被穿透,這樣就可以獲得全面的根系信息,。X-光發(fā)射器前帶有可開關(guān)的防護門,,當(dāng)門關(guān)閉后,所有X-射線被屏蔽掉,。儀器外殼帶有內(nèi)鎖,,不會發(fā)生X-光泄漏。

3.2根系X-光成像的特性
* 高分辨率的X-光立體成像
* 進行長期動態(tài)監(jiān)測
* 獲得原位根系角度信息
* *可控條件下的生理,、病理實驗
* 大規(guī)??焖俸Y選根系突變株

3.3 根系X-光掃描成像系統(tǒng)的主要技術(shù)參數(shù)
* X-射線發(fā)生器: 20KeV@800mA;35u spot size
* X-射線數(shù)碼相機: 1024 x 1024 CMOS,;GdOs Scintillator
* 精確的三維調(diào)節(jié)工作臺: 精度達(dá)25 mm
* 速度:平面圖25株/h,;立體圖15株/h
* 范圍:zui大根長0.6 m;zui大高度2.1 m
* 分辨率:2000×2048像素

3.4 根系X-光掃描成像系統(tǒng)的應(yīng)用實例
應(yīng)用實例一:根系的X-光立體成像

玉米幼苗根系的X-光立體成像
(利用/藍(lán)立體眼鏡可以觀看立體效果)(為了排版方便,,將實際圖片旋轉(zhuǎn)了90度)

應(yīng)用實例二:根系生長發(fā)育的長期動態(tài)監(jiān)測

第4天

第7天

第10天

第13天

第16天

第28天

第40天

玉米出苗后40天的根系動態(tài)生長監(jiān)測
(利用/藍(lán)立體眼鏡可以觀看立體效果)

應(yīng)用實例三:不同品種間根系角度差異分析

兩種水稻(Ra4993和Ra5531)的不同變種間根系的差異,,利用植物根系X-光掃描成像分析系統(tǒng)可以容易的進行分析,而傳統(tǒng)的洗根后掃描的方法會將根系間的角度差別忽略掉
(利用/藍(lán)立體眼鏡可以觀看立體效果)

應(yīng)用實例四:根系系統(tǒng)分類

 

   
利用肉眼很難區(qū)分不同變種的大豆根根系,,而根據(jù)植物根系X-光掃描成像分析系統(tǒng)的結(jié)果,,以側(cè)根密度和主根長度為坐標(biāo)軸得出的散點圖,可以對大豆變種的根系進行分類,。上圖中,,多根變種分布于中心線的上部,而正常品種分布于中心線的下部,。也可以做成分類模型,。這種方法可用于快速掃描后代的多根特性。

應(yīng)用實例五:根系病理學(xué)研究

感染病蟲的玉米根系
圖中灰點為蟲卵 未感染的玉米根系


4 植物根系生長監(jiān)測監(jiān)測系統(tǒng)CI-600

4.1 CI-600的原理
植物根系生長監(jiān)測系統(tǒng)CI-600是*套“土壤原位360度多層次旋轉(zhuǎn)式掃描”獲取根系剖面圖像的方法,。將透明根管埋設(shè)在需要研究的根系周圍后,,定期使用旋轉(zhuǎn)式CCD線性掃描頭對根系360度多層次掃描,然后借助專業(yè)根系分析軟件系統(tǒng)對混合圖像進行分析,,從而跟蹤了解根系的長期生長動態(tài),。


4.2 CI-600的特性
* 非破壞性的原位測量
* 可獲取188兆像素高分辨率彩色圖像
* 不變形的線性掃描
* 每次掃描可獲得21.56 x 19.56cm的高分辨率圖像
* 極便攜、易操作,、測量快
* 可以掃描根系不同層次的圖像,,合成后獲得整體根系的剖面圖
* 可定點,、連續(xù)觀測根系在整個生長季的動態(tài)變化
* USB數(shù)據(jù)傳輸,測量,、存儲方便
* 配合根系動態(tài)分析軟件,,后續(xù)分析功能強大

4.3 CI-600的主要技術(shù)參數(shù)
* 掃描頭分辨率:zui大1200dpi或188兆像素
* 單圖尺寸:21.56 x 19.56 cm
* 掃描速度:5~15s
* 電腦接口:USB
* 供電:電腦USB供電
* 掃描頭尺寸:直徑6.4cm,長34.3cm
* 透明根管尺寸:內(nèi)徑6.4cm,,長182.9cm(長度可以定制)
* 重量:約1Kg

4.4 CI-600的應(yīng)用實例
右圖為Northern Arizona University的Dylan Fischer博士的實驗結(jié)果,,從上到下為連續(xù)掃描的6張360度圖片拼接在一起,每張圖片的原始尺寸為21.59 x 19.56 cm,。
(這里為了排版需要,,將圖片的分辨率大大降低)

5 植物根系分析軟件WinRHIZO Tron MF
根系分析軟件WinRHIZO Tron MF是一款功能非常強大的專業(yè)根系分析軟件,可以對RootViz FS和CI-600的測量結(jié)果進行分析,,其主要特性如下:
◆ 總根測量(根長,、表面積、投影面積,、體積,、平均直徑和數(shù)目的提示)
◆ 活動根的名稱和它的測量數(shù)據(jù)(長度,,表面積...)
◆ 活動根段的編號和其測量數(shù)據(jù)(長度,,比表面積...)
◆ 可以移動分析區(qū)域里單個根或所有根系
◆ 可以改變顯示信息的顏色
◆ 可以給圖片、根系和片段添加注釋
◆ 可以將根管不同深度不同時間的掃描圖像連接起來進行整體分析
◆ 文件以ASCII文本格式保存,,兼容多數(shù)表格程序(如Excel)

時空變化分析(橫軸為時間,,不同季節(jié);縱軸為空間,,不同深度)

6 根系研究系統(tǒng)解決方案的應(yīng)用
這套根系研究的系統(tǒng)解決方案綜合了植物根系X-光掃描成像分析系統(tǒng)RootViz FS和植物根系生長監(jiān)測系統(tǒng)CI-600的強大,、革命性的測量功能,以及根系分析軟件WinRHIZO Tron MF的強大分析功能,。三者有機結(jié)合,,融會貫通,可以廣泛的應(yīng)用于根系研究領(lǐng)域:
◆ 根系的發(fā)育周期和再生周期
◆ 根際形態(tài)學(xué)和分類學(xué)的研究
◆ 根際生態(tài)過程與調(diào)控
◆ 推進和開發(fā)功能基因組學(xué)的研究
◆ 突變體及作物育種的鑒定和篩選
◆ 植物生態(tài)學(xué)研究
◆ 環(huán)境保護和修復(fù)
◆ 能源苗木的培養(yǎng)及果樹育苗與引種
◆ 森林培育和林學(xué)
◆ 花卉栽培和保護
◆ 細(xì)根生理和功能異質(zhì)
◆ 根系周轉(zhuǎn)和生態(tài)驅(qū)動
◆ 農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)中作物生長及節(jié)水灌溉
◆ 防風(fēng)固沙與水土保持
◆ 根系對鹽,、干旱,、重金屬等逆境脅迫的生理生態(tài)響應(yīng)
◆ 植物病理學(xué)的研究
利用這套系統(tǒng),可以對盆栽植物進行大批量快速篩選,,獲得合適的突變株后直接移植到室外土壤中,,繼續(xù)進行長期監(jiān)測,進行長期的系統(tǒng)性實驗

7 展望
這套根系研究的系統(tǒng)解決方案用于原位,、非破壞性地研究根系,,可以長期監(jiān)測根系的生長動態(tài),*打破了長期以來根系研究的瓶頸,。植物根系X-光掃描成像分析系統(tǒng)RootViz FS側(cè)重于室內(nèi)研究,,是目前世界上的根系研究系統(tǒng),,幾乎可以應(yīng)用于所有和根系有關(guān)的研究中。美國能源部利用其開展對美國白楊生物能源開發(fā)利用,,杜克大學(xué)的Benefy Lab利用其進行功能基因組學(xué)研究,,探討植物抗逆機制。植物根系生長監(jiān)測監(jiān)測系統(tǒng)CI-600側(cè)重于室外研究,,是微根窗(minirhizotron)技術(shù)應(yīng)用的產(chǎn)品,,在國外已廣泛地應(yīng)用于森林、草地,、沙漠,、果園及農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)等植物根系研究中。這兩種技術(shù)在根系研究進程中都被認(rèn)為是重要的里程碑,,必將改變根系研究遠(yuǎn)遠(yuǎn)落后于地上部分研究的現(xiàn)狀,,為根系研究的跨越式發(fā)展起到巨大的推動作用。
 

 

 

 



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