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美國(guó)Bio-Rad伯樂變性梯度凝膠電泳DGGE

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雷勃LabsystemsMK3,、伯樂Bio-rad680、寶特Elx-800,、奧地利安圖斯2010,、雷杜酶標(biāo)儀/雷勃LabsystemsMK2,、伯樂Bio-rad1575、寶特Elx-50洗板機(jī)/日本三洋SANYO(MDF-382E超低溫冰箱,、MIR-253低溫培養(yǎng)箱,、MLS-3750高壓滅菌器、CO2培養(yǎng)箱)/Shellab(1004分子雜交箱,、2306二氧化碳培養(yǎng)箱,、WPC65水浴箱)/美國(guó)Millipore Q Biocel 純水系統(tǒng)/德國(guó)艾本德eppendorf、大龍,、雷勃Labsystems,、法國(guó)吉爾森Gilson 移液器/德國(guó)艾本德eppendorf5415D、德國(guó)賀力氏Heraeus Primo R 離心機(jī)/美國(guó)ABI 2720 9700,、德國(guó)艾本德eppendorf5332 PCR基因擴(kuò)增儀/德國(guó)Heraeus(賀力氏)BB15,、美國(guó)REVCO 3000T、美國(guó)熱電Foma3111 二氧化碳培養(yǎng)箱/梅特勒Mettler Toledo,、賽多利斯 分析天平/全系列Bio-rad電泳系統(tǒng)/美國(guó)MEDICA全自動(dòng)電解質(zhì)分析儀/新加坡ESCO二級(jí)生安全柜/意大利Scout 半自動(dòng)生化分析儀/數(shù)碼相機(jī)型,、CCD型 凝膠成像/數(shù)碼相機(jī)型、CCD型 顯微成像/ 國(guó)產(chǎn)(制冰機(jī),、各類實(shí)驗(yàn)室培養(yǎng)箱,、可見分光光度計(jì)、微量熒光檢測(cè)儀)/各類實(shí)驗(yàn)室耗才(吸嘴,、離心管,、培養(yǎng)板、培養(yǎng)皿,、比色皿,、培養(yǎng)瓶、酶標(biāo)板,、離心管架,、吸嘴盒、封口膜)

運(yùn)用DGGE搜尋未知突變

DGGE 是基于以下原理,,即增加聚丙烯酰胺凝膠內(nèi)變性劑的濃度會(huì)熔解雙鏈DNA 的不同區(qū)域,。當(dāng)溫度達(dá)到zui低熔解度區(qū)域的熔解溫度Tm 時(shí),DNA 部分熔解,,在凝膠中形成遷移率下降的分支分子(Myers et al.1987),。在均一的運(yùn)行溫度(50—65°C)和尿素與甲酰胺線性變性梯度條件下即形成了變性環(huán)境,。梯度以垂直或平行于電泳方向形成。DGGE 是zui靈敏的突變檢測(cè)方法,,其效率可達(dá)99%Grompe 1993),。DCode 系統(tǒng)通過以下途徑優(yōu)化DGGE

  • 溫度控制模塊提供45–70°C 內(nèi)的*運(yùn)行溫度
  • 系統(tǒng)可運(yùn)行2 16 x 16 cm 凝膠或4 7.5 x 10 cm 凝膠
  • 可選擇的MacMelt WinMelt 軟件優(yōu)化了GC 夾及引物的置放

DGGE 的兩種模式。A ,,凝膠的變性梯度方向與電泳方向垂直。從原生乳腺癌種擴(kuò)增的p53 基因6 號(hào)外顯子的野生型和突變型等位基因通過垂直DGGE80V,,56°C,,2 小時(shí))分離。感謝AL Borresen, Radium Hospital, Oslo, Norway 提供的數(shù)據(jù),。B ,,凝膠的變性梯度方向與電泳方向平行。p53 基因8 號(hào)外顯子的野生型和突變型等位基因在8%丙烯酰胺:甲叉37.51 平行梯度(40–65% 變性劑)凝膠上,,1 x TAE 緩沖液,, 60°C150 V,,電泳2.5 個(gè)小時(shí),。左泳道,突變型等位基因,;中,,野生型等位基因;右,,突變型與野生型等位基因,。

DGGE分離示意圖。所示為一個(gè)變性梯度方向與電泳方向垂直的凝膠,,以及一個(gè)有單個(gè)熔解區(qū)域的目標(biāo)序列,。野生型和突變型樣品加入到制備孔內(nèi)。在低變性劑濃度時(shí),,DNA 片段為雙鏈,,但當(dāng)濃度增加時(shí)雙鏈DNA 開始熔解,形成分枝分子,。到濃度非常高時(shí),,DNA 片段可熔解形成2條單鏈。

運(yùn)用DGGE搜尋未知突變

DGGE 是基于以下原理,,即增加聚丙烯酰胺凝膠內(nèi)變性劑的濃度會(huì)熔解雙鏈DNA 的不同區(qū)域,。當(dāng)溫度達(dá)到zui低熔解度區(qū)域的熔解溫度Tm 時(shí),DNA 部分熔解,,在凝膠中形成遷移率下降的分支分子(Myers et al.1987),。在均一的運(yùn)行溫度(50—65°C)和尿素與甲酰胺線性變性梯度條件下即形成了變性環(huán)境,。梯度以垂直或平行于電泳方向形成。DGGE 是zui靈敏的突變檢測(cè)方法,,其效率可達(dá)99%Grompe 1993),。DCode 系統(tǒng)通過以下途徑優(yōu)化DGGE

  • 溫度控制模塊提供45–70°C 內(nèi)的*運(yùn)行溫度
  • 系統(tǒng)可運(yùn)行2 16 x 16 cm 凝膠或4 7.5 x 10 cm 凝膠
  • 可選擇的MacMelt WinMelt 軟件優(yōu)化了GC 夾及引物的置放

DGGE 的兩種模式。A ,,凝膠的變性梯度方向與電泳方向垂直,。從原生乳腺癌種擴(kuò)增的p53 基因6 號(hào)外顯子的野生型和突變型等位基因通過垂直DGGE80V56°C,,2 小時(shí))分離,。感謝AL Borresen, Radium Hospital, Oslo, Norway 提供的數(shù)據(jù)。B ,,凝膠的變性梯度方向與電泳方向平行,。p53 基因8 號(hào)外顯子的野生型和突變型等位基因在8%丙烯酰胺:甲叉37.51 平行梯度(40–65% 變性劑)凝膠上,1 x TAE 緩沖液,, 60°C,,150 V,電泳2.5 個(gè)小時(shí),。左泳道,,突變型等位基因;中,,野生型等位基因,;右,突變型與野生型等位基因,。

DGGE分離示意圖,。所示為一個(gè)變性梯度方向與電泳方向垂直的凝膠,以及一個(gè)有單個(gè)熔解區(qū)域的目標(biāo)序列,。野生型和突變型樣品加入到制備孔內(nèi),。在低變性劑濃度時(shí),DNA 片段為雙鏈,,但當(dāng)濃度增加時(shí)雙鏈DNA 開始熔解,,形成分枝分子。到濃度非常高時(shí),,DNA 片段可熔解形成2條單鏈,。



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