TissueQuest是針對組織切片或細(xì)胞涂片染色切片進(jìn)行分析的軟件,。分析軟件簡單易用,，但是是一個的分析技術(shù)，可分析的標(biāo)記物的數(shù)量理論上是無限的,。

該軟件的優(yōu)勢之一是蛋白質(zhì)共表達(dá)的分析

該項是測量Ki-67的定量表達(dá)和計算表皮細(xì)胞上陽性細(xì)胞百分比,，利用TG分析軟件中手動畫圖工具實現(xiàn)。然而,，在此項目中一個Ki-67共定位分析和盤狀球蛋白的應(yīng)用取代了手動畫圖圈定區(qū)域,。分析由設(shè)置DAPI通道的TG高效核分離運算開始。核膜,，細(xì)胞質(zhì)的或者膜測量可以在其他通道中被設(shè)定,。
盤狀球蛋白通道的膜被設(shè)定根據(jù)細(xì)胞質(zhì)的測量。該方法,，根據(jù)標(biāo)記物表皮的角化細(xì)胞層被重新建立,。盤狀球蛋白中的高表達(dá)陽性細(xì)胞在表皮組織能夠被特異性的找到根據(jù)反向回溯影相。

FACS數(shù)據(jù)展示

TG分析軟件的優(yōu)勢是FACS數(shù)據(jù)和樣本圖像中被分離的物體的管理方法的實施,。通過自動生成的點狀圖,，可以得到Ki-67表皮陽性細(xì)胞的測量數(shù)據(jù)。圖中,，盤狀球蛋白對Ki-67的平均強度,，利用自動計算兩個標(biāo)記物陽性的陰陽線被設(shè)定。TG分析軟件都具有該功能,。2級界限會展現(xiàn)Ki-67和盤狀球蛋白的陽性在點狀圖的右上象限,。

Hella細(xì)胞三重染色

熒光分析計算非常迅速。在57.7秒中Hella細(xì)胞三重染色被分析,。

主要特點

• 完整的新用戶界面能夠?qū)嵭锌煽s放數(shù)字玻片

• 感興趣及非感興趣的區(qū)域的圈選,、注釋，在數(shù)字化的玻片上圈選,，可以達(dá)到更高更簡單的分析

• 多核計算機的應(yīng)用增強了計算速度

• FISH和其它“細(xì)胞中的點”數(shù)據(jù)如mRNA,病理數(shù)據(jù)陳列等結(jié)果可輸出到excel表中

• 從Mirax和Pannoramica輸入掃描的圖像,，然后利用分析

• 相同類型的樣本分析，應(yīng)用分析模板可以再次調(diào)用并重新設(shè)置

• 應(yīng)用計算參數(shù)測量比例和百分?jǐn)?shù)測量參數(shù)在強度染色

• 三種可選數(shù)據(jù)輸出方式

• 能夠?qū)崿F(xiàn)不同切片數(shù)據(jù)的疊加對比分析

• 應(yīng)用圖像可以實現(xiàn)相同組織區(qū)域的不同標(biāo)記物的對比分析

• 選取顏色和圖像輪廓厚度可調(diào)

• TMA的快速分析及復(fù)合結(jié)果輸出

TG FISH工作流程

針對所有FISH,，CISH和點狀結(jié)構(gòu)分析,，TG擁有專門的工作流程,。任意點的大小都可以通過面積、染色強度和標(biāo)記物陽性分析,。常規(guī)FISH分析通過Z軸疊加和焦距擴(kuò)展實現(xiàn),。然后經(jīng)由它或者StrataQuest軟件分析。

點狀分析的算法簡單且靈活,，它根據(jù)染色物的數(shù)量和確定分析的通道,。然后系統(tǒng)會自動運行

模塊

TG的軟件模塊可以被定制以滿足不同用戶的需要。新的版本為TissueQuest 4.0,。
TG 共有6大模塊:

模塊1-組織學(xué)模塊

該入門級模塊支持輸入不同濾片得到的原始熒光灰度圖像,，畫定感興趣區(qū)域得到樣品中染色面積。同樣可以作為標(biāo)注工具,。得到數(shù)據(jù)的直方圖,，結(jié)果以Excel或PDF格式輸出。
可以單獨或者與其它模塊一起使用,。

模塊2-細(xì)胞核計數(shù)

與組織學(xué)模塊相似的是,，細(xì)胞核計數(shù)模塊可以得到被染色核的數(shù)量以及其它分析參數(shù)，像細(xì)胞核的面積和染色強度,。

模塊3-細(xì)胞與細(xì)胞質(zhì)

該模塊增加了更多細(xì)胞結(jié)構(gòu)方面的分析：胞漿標(biāo)記物的ring mask與cell mask可以通過升級的運算法則得到,。數(shù)據(jù)同樣可以根據(jù)散點圖呈現(xiàn)。

模塊4-診斷

該模塊可以實現(xiàn)細(xì)胞核和胞質(zhì)室的虛擬通道比較然后可以輸出報告,?？梢赃M(jìn)行圖表比較。度量尺與標(biāo)量可以利用在樣品測量,。

模塊5-Diagnostics Xtended

該模塊可以應(yīng)用cut off值分離圖表中陽性和陰性群組,。通過正反向回溯，散點圖和直方圖與圖像可以更好的分析,。特殊掃描器得到的圖像一樣可以被應(yīng)用并且可以通過示例查看器進(jìn)行比較,。手動修正工具可以應(yīng)用在確定的細(xì)胞核與特殊的區(qū)域內(nèi)?？焖賀OI工具可以更快范圍更大的得到感興趣區(qū)域與標(biāo)釋,。

模塊6-TMA

TG 融合的工作流程

• 數(shù)據(jù)顯示，管理與輸出

• 工作流程易于使用（數(shù)據(jù)自動顯示,，輸出等 ）

• 樣品觀測器

• 可以對樣品進(jìn)行拖拽或者倍數(shù)放大

• 批量處理

• TG模塊的批量處理

• RNA分析

批量數(shù)據(jù)處理
RNA分析
單個細(xì)胞的確定

選取細(xì)胞染色類型
單個細(xì)胞通過*的染色類型被確定,。類型可選。對于細(xì)胞分離專門主通道被應(yīng)用確定細(xì)胞核,。

不同的膜選項和定量分析

細(xì)胞核與細(xì)胞質(zhì)都可以進(jìn)行染色強度的分析,。用特殊的運算方法尋找并分析胞漿抗原。
數(shù)據(jù)的呈現(xiàn)

被確定的細(xì)胞會以散點圖的形式顯示,，包括表面積/ＤＮＡ和染色強度,。類似流式細(xì)胞儀,，以個點代表一個細(xì)胞,。
需更更詳細(xì)分析時,，ｃｕｔｏｆｆ參數(shù)根據(jù)陰性背景被確定。根據(jù)圈選設(shè)定需要分析的參數(shù),。
任意數(shù)據(jù)圖上ｃｕｔｏｆｆ線都可以被應(yīng)用在其它任意散點圖中,。顏色和形狀都可以重新調(diào)節(jié)。

高效分析

計算的參數(shù)包括平均強度,，相對／陽性細(xì)胞數(shù)目,，表達(dá)細(xì)胞的比例。
數(shù)據(jù)輸出以表格的格式并顯示四個象限區(qū)間,。之前的版本中類型不能被修改通過調(diào)節(jié)參數(shù),。


正反向回溯

提供新型數(shù)字化測量功能。
世界的數(shù)據(jù)與影響正反向回溯功能,，利用正向回溯功能,，研究者可查看影像中細(xì)胞在散點圖中的位置；利用反向追蹤功能,，研究者可以用分子標(biāo)記物找出感興趣的細(xì)胞群之后反推其在組織切片中的細(xì)胞分布,，并觀察結(jié)構(gòu)特征，完美結(jié)合分子標(biāo)記資訊與組織結(jié)構(gòu),，在幫助研究者快速定位分化干細(xì)胞等稀有細(xì)胞亞群的研究中有*的優(yōu)勢,。

數(shù)字化應(yīng)用

組織樣本中免疫熒光標(biāo)記的特殊的細(xì)胞或者細(xì)胞族群利用不同的參數(shù)進(jìn)行單獨的分析，例如細(xì)胞表面表達(dá)或者細(xì)胞內(nèi)分子,。
能夠?qū)崿F(xiàn)多種應(yīng)用,。
以下是一些分析方法：

特點

• 不僅可以分析TissueFAXS 掃描的圖像還可以對其它格式的圖像進(jìn)行分析

• 依據(jù)核染色可以通過圖像確定組織中單個細(xì)胞

• 在強度測量中自動產(chǎn)生cell body

• 手動修改工具的設(shè)定

• 點陣圖與圖像的正反向回溯功能

• 能夠產(chǎn)生無上限數(shù)量的點陣圖與直方圖

• 可選的數(shù)據(jù)輸出報告